地纬招商网（www.zhongguozhaoshang.com）为大家总结为以下五个方面：
一、产品结构单一，与市场需求多样化不相适应
一是产品结构不理想。武汉市食用菌栽培以双孢蘑菇为主，约占生产总面积的８０％左右，另外平菇、金针菇有一定规模，而白灵菇、姬菇、巴西菇等珍稀菌类以及香菇传统菌类开发过少，种植分散，还没形成规模；二是常规食用菌高中低温型品种结构不合理，生产时间过于集中，没有形成周年生产均衡供应的局面；三是食用菌的加工水平低。主要是以鲜品供应市场，加工以初加工为主，深加工、系列产品加工不够。随着产业的发展，产品相对单一的结构性矛盾日益突出，一旦出现双孢蘑菇滞销，而替代产品又少，将对整个行业造成巨大的损失。２００９年该市食用菌行业的生产经营窘况充分证明了这一问题应引起重视。
二、标准化生产普及率不高，质量安全水平有待提高
目前武汉市食用菌栽培仍以农户分散种植为主，增加了标准化生产推广与普及的难度。没有统一的标准，生产技术难以规范，菇品产量不高，质量参差不齐，产业效益低下。同时在生产、加工和保鲜等过程中缺乏有效的质量安全监督，产品质量安全存在一定的隐患。
三、企业实力不强，带动效应不大
武汉市食用菌目前加工销售龙头企业不多，有市场竞争力的企业更少，大多数企业仍处于市场开发的初级阶段，存在着市场信息不灵、产品产销不对路、营销网络不全、销售渠道不畅、加工能力薄弱、产品附加值低、市场份额少、企业效益低等诸多问题，大多仅处于微利或亏损状况。企业自身发展都有困难，就更无力带动菇农发展了。
四、科技创新能力不强，滞后于产业发展
食用菌产业是一项高科技产业，随着食用菌产业的快速发展，急需新品种、新技术、新工艺、新设备等作为产业升级的技术支撑。而武汉市仅华中农业大学应用真菌研究所惟一一家专业从事食用菌科研的机构，科技成果产出不足，难以满足产业发展的需求。而作为产业的主体――企业，由于资金有限，效益低下，自主创新意识不强，绝大多数企业没有科研经费投入，研发能力弱。食用菌产业缺乏强有力的科技支撑体系，严重制约着武汉市食用菌产业的可持续发展。
五、菌种管理缺位，生产经营规范有待提高
虽然近年出台了《湖北省食用菌菌种管理办法》，但由于种种原因《办法》执行难，食用菌菌种管理仍处于缺位或半缺位状态，问题主要表现在：菌种质量不高，时常出现杂菌；品种存在多、杂、乱现象；标签不规范，空缺或缺项现象严重；菌种市场不规范，无序竞争严重。
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